Alates 1. juulist liiguvad mitmed seni Transpordiameti halduses olevad teenused riigi veesõidukeid majandavasse Riigilaevastikku. Samuti liigub ära ühistranspordi korraldamine Regionaal- ja Põllumajandusministeeriumisse.
Riigilaevastikku liiguvad navigatsioonimärgistuse osakond, laevastiku osakond ning uute laevade projektijuhid. Üle lähevad kõik laevad ja sadamad, lisaks Transpordiameti hallatavate väikesaarte parvlaevade omaniku järelevalve ja nendega seotud teenused.
Kuigi Riigilaevastik võtab üle navigatsioonimärkide paigalduse ja hoolduse, jääb Transpordiametisse laevateede haldamine, planeerimine ja kanalite süvendamise korraldamine. Samuti jääb Transpordiametisse püsinavigatsioonimärkide, sh tuletornide, kinnisvara haldamine ehk tuletornid kui ehitised. Riigilaevastik vastutab tuletornides olevate tulede eest. Lisaks jääb Transpordiameti ülesandeks laevade ja sadamate järelevalve, veeteetasude kogumine ning laevaliikluse korraldus.
Navigatsioonimärgistuse osakonna põhitööülesanded Riigilaevastikus saavad olema ujuv- ja püsinavigatsioonimärkide tulesüsteemide korrashoid, taimestiku piiramine püsinavigatsioonimärkide mõjupiirkonnas, raadionavigatsiooni taristu ja sildade signaalmärgistuse korrashoid ning veeliiklust ohustavate ja segavate objektide kõrvaldamine laevateedelt koostöös Transpordiametiga.
Riigilaevastik hakkab koos Transpordiametiga panustama Eesti veeliikluse ohutusse ja veeteede taristu korrashoidu. Riigilaevastik hakkab paigaldama, hooldama ja haldama ujuvnavigatsioonimärgistust merealal, siseveekogudel ja piiriveekogudel. Navigatsioonimärgistuse valdkonna üldvastutus ja koordineerimine jääb Transpordiametile.
Alates 1. juulist korraldab riigipoolset ühistransporti (maakonna- ja kaugbussiliinid, lennuliinid ja laevaliinid) Transpordiameti asemel Regionaal- ja Põllumajandusministeerium. Vabariigi Valitsuse seaduse muudatusega, mis kujundab ümber ministeeriumite vastutusvaldkonnad, läheb ühistranspordi korraldamise ülesanne Majandus- ja Kommunikatsiooniministeeriumi ning Transpordiameti juurest Regionaal- ja Põllumajandusministeeriumisse. Ministeeriumisse liigub senine Transpordiameti ühistranspordi korraldamise osakond koos ametikohtade ja ülesannetega.
Edaspidi hakkab Regionaal- ja Põllumajandusministeerium koordineerima piirkondlike ühistranspordikeskuste tööd ning maksma välja riiklikke toetusi, viib läbi hankeid ja sõlmib lepinguid siseriiklike lennu- ja parvlaevaliinide opereerimiseks ning väljastab liinilube bussiettevõtjatele.
Transpordiameti ülesandeks ühistranspordi valdkonnas jääb riiklik järelevalve, sealhulgas ühistranspordi sõidukite ja sõitjate sõiduõiguste ning liinilubade nõuete täitmise kontrollimine. Samuti jääb Transpordiametisse liikuvuse planeerimine ehk multimodaalse transpordi kavandamine ning ühistransporditaristu investeeringute kavandamine ja elluviimine (nt bussipeatused).
